Berbagai fasilitas pendukung khusus penumpang KA jarak jauh untuk naik dari Stasiun Jatinegara juga telah disiapkan, antara lain mesin cetak tiket, ruang tunggu, boarding gate, peron, dan lainnya..
Pada Gapeka sebelumnya, KA-KA jarak jauh hanya berhenti di Stasiun Jatinegara untuk proses turun penumpang. Stasiun ini hanya melayani naik penumpang khusus KRL Commuter Line.***